Ο Δήμος Κυθήρων προήλθε από την συνένωση των 13 κοινοτήτων του νησιού, σύμφωνα με τις διατάξεις του ν.2539/1997, (νόμος Ι. Καποδίστρια), και μαζί με την κοινότητα Αντικυθήρων, αποτελούν την επαρχία Κυθήρων, η οποία υπάγεται διοικητικά στο νομό Αττικής (Νομαρχία Πειραιά).
Ξεκίνησε τη λειτουργία του την 1/1/1999 με πρώτο δήμαρχο τον Αρτέμιο Καλλίγερο.
Τελευταίες εκλογές έγιναν τον Οκτώβριο του 2023 όπου δήμαρχος επανεξελέγη για τρίτη φορά ο Ευστράτιος Χαρχαλάκης.
Δήμαρχοι στο Δήμο Κυθήρων διετέλεσαν οι:
1. Αρτέμιος Καλλίγερος 1999 – 2007

Ο Αρτέμιος Ν. Καλλίγερος γεννήθηκε το 1939 στο Στραπόδι Κυθήρων. Πραγματοποίησε τις εγκύκλιες σπουδές του στα Κύθηρα. Μετά την αποφοίτησή του από το εξατάξιο Γυμνάσιο κατατάχθηκε εθελοντής στην Ελληνική Πολεμική Αεροπορία, όπου και πήρε την ειδικότητα του ηλεκτρονικού ως μηχανικός Radar αεροσκαφών. Παράλληλα, παρακολούθησε στην Αθήνα και στο Βόλο τα μαθήματα τεχνικών σχολών, από τις οποίες έλαβε πτυχίο ηλεκτρολόγου και ηλεκτρονικού. Το 1961 αποστρατεύτηκε και αμέσως μετά προσελήφθη από τον αείμνηστο Νίκο Φατσέα στην ιδιωτική επιχείρηση ηλεκτρισμού της Κοινότητας Κοντολιανίκων. Μετά την εξαγορά της κοινοτικής επιχείρησης από την ΔΕΗ έγινε μόνιμος υπάλληλος σ’ αυτήν και είναι από τους κύριους συντελεστές του εξηλεκτρισμού των Κυθήρων και της συστηματικής οργάνωσης στον τόπο μας των υπηρεσιών της ΔΕΗ. Παράλληλα υπηρέτησε ακούραστα, με ευσυνειδησία και υπευθυνότητα, τα κοινά των Κυθήρων, μετά από την τιμητική ψήφο και την αναγνώριση της προσφοράς του από τους συμπολίτες του. Συγκεκριμένα: Εξελέγη για δυο τετραετίες Κοινοτικός Σύμβουλος στην Κοινότητα Κυθήρων. Εξελέγη για μια τετραετία Αντιπρόεδρος της Κοινότητας Κυθήρων και παράλληλα την ίδια τετραετία εξελέγη Πρόεδρος του “Συνδέσμου Ύδρευσης Περάτη Νήσου Κυθήρων”. Εξελέγη δυο τετραετίες, 1991-1994 και 1995-1998, Πρόεδρος της Κοινότητας Κυθήρων και Πρόεδρος του “Συνδέσμου Ύδρευσης Περάτη Νήσου Κυθήρων”. Στα δώδεκα χρόνια της προεδρίας του στο “Σύνδεσμο Ύδρευσης Περάτη Νήσου Κυθήρων” πέτυχε να εξασφαλίσει πλήρη επάρκεια νερού, παρά το δεκαπλασιασμό της κατανάλωσης νερού στα Κύθηρα. Κατά τη μακρά θητεία του στα κοινά μετείχε σε πολλά Συνέδρια του εσωτερικού και του εξωτερικού σχετικά με την Τοπική Αυτοδιοίκηση και έχει χρηματίσει μέλος της Διοικούσας Επιτροπής της Τοπικής Ενώσεως Δήμων και Κοινοτήτων Νομού Αττικής (Τ.Ε.Δ.Κ.Ν.Α). Το 1998, μετά τη σύσταση του Δήμου Κυθήρων από τη συνένωση των 13 Κοινοτήτων του νησιού (Νόμος Καποδίστρια), εξελέγη Δήμαρχος Κυθήρων με το Συνδυασμό “Ανεξάρτητη Ενωτική Κίνηση” και ανέπτυξε πρωτοβουλίες αξιόλογες γι° την οργάνωση του Νέου Δήμου και την εύρυθμη λειτουργία του καθώς και για τη γενικότερη αναπτυξιακή πορεία και προβολή του νησιού επιτυγχάνοντας τη σωστή και συνετή διαχείριση των κοινών και των δημοτικών και πολιτιστικών πόρων. Ο Αρτέμιος Καλλίγερος απεβίωσε τον Ιανουάριο του 2009. Σε ειδική τελετή στο Δημαρχείο Κυθήρων στις 28 Οκτωβρίου 2009, η αίθουσα του Δημοτικού Συμβουλίου μετονομάσθηκε σε “Αίθουσα Δημάρχου Αρτεμίου Καλλίγερου” και ο κεντρικός δρόμος του διοικητικού διαμερίσματος Καλάμου σε οδό “Αρτεμίου Καλλιγέρου Δημάρχου Κυθήρων”.
2. Θεόδωρος Κουκούλης 2007 – 2014

Γεννήθηκε το 1956 στα Λογοθετιάνικα Κυθήρων, όπου πέρασε τα παιδικά του χρόνια. Σπούδασε Ιστορία και Αρχαιολογία στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών. Απέκτησε μεταπτυχιακό τίτλο Master of Letters στο Πανεπιστήμιο του Newcastle upon Tyne στην Αγγλία. Θέμα του Master «Υλικά Δομής και τρόποι κατασκευής στην Κεντρική και Νότιο Ελλάδα κατά την Ύστερη Ρωμαϊκή και την Παλαιο-Χριστιανική Περίοδο, (3ος – 7ος αι. μ.Χ.) Παρακολούθησε στο ίδιο Πανεπιστήμιο πρόγραμμα σπουδών για την Τοπική Αυτοδιοίκηση. Εξειδικεύθηκε στην Τέχνη από την Σχολή Διδασκαλίας της Τέχνης της «Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας» Είναι μέλος της Οργανωτικής Επιτροπής Διεθνών Επιστημονικών Συνεδρίων στα Κύθηρα. Έχει δημοσιεύσει πολλές σημαντικές μελέτες αρχαιολογικού, ιστορικού και λαογραφικού περιεχομένου για τα Κύθηρα, τα Μέθανα και άλλες περιοχές σε ελληνικά και ξένα επιστημονικά περιοδικά. Εργάστηκε ως Φιλόλογος, Αρχαιολόγος καθώς και στη Θεραπευτική Κοινότητα Απεξάρτησης Τοξικομανών «Νόστος». Διετέλεσε Διευθυντής του Γραφείου Τύπου του Υφυπουργού Εθνικής Άμυνας, κ. Β.Ι. Μιχαλολιάκου από το 2004 έως το 2006. Είχε πλούσια ενεργό παρουσία στην κεντρική πολιτική σκηνή, ενώ έχει ταξιδεύσει σε 25 χώρες ως μέλος επίσημων υψηλόβαθμων ελληνικών αποστολών και έχει συμμετάσχει σε δύο Διεθνείς Διασκέψεις. Τιμήθηκε το 2003 με το Χρυσό Σταυρό της Μητροπόλεως Μαντινείας και Κυνουρίας για την προσφορά του στην εν λόγω Μητρόπολη. Είναι παντρεμένος με τη Βάσω Κουντούρη και έχουν τρία παιδιά.